No se si soy yo quien no esta entendiendo, query (.sql) = consultas - backup (.bak) = base de datos ambas son diferentes bien puedes hacer una restauración de algún backup como tambien hacer una restauracion via query que te genera las tablas necesarias dentro de tu base de datos pero ahora dudo mucho un sql no permita la restauracion de un .bak cuando el sql trabaja con ambas, como es que dices que tu sql solo trabaja con query