cómo puedo arreglar esto?

prende el connectserver manual y listo :S

la idea del programa es que funcione y minimizar los programas
pero al arrancar los todos con el mismo programa se siguen abriendo las ventanas del mismo
esto viene pasando Desde un tiempo acá
porque antes funcionaba perfectamente
ahora no entiendo porque dejó de funcionar
pensé que era algún virus pero volví a instalar el sistema operativo y sql y no funcionó

Proba otro programa para abrirlos.

Puede ser que los archivos bases .xml de los que usa el ejecutable están mal configurados, deberías revisar eso o encender tu servidor creando acceso directos y te quitas ese peso de encima