Hola Buenas Tardes, existe la posibilidad de hacerle alguna configuración o algo, para que los anti virus no detecten el main.exe, para que los usarios no tengan que estar excluyendo las carpetas.

Pero el main limpio te lo detecta? si lo vas a empaquetar usa molebox, porque themida hace que los antivirus lo detecta por el tipo de packed que le da al archivo